Desde la muerte de Marañón, y entre las personas más cercanas a su figura y a su magisterio, se había hecho sentir la necesidad de perpetuar la obra del ilustre médico, humanista e historiador y la ejemplaridad de sus logros humanos.

Los actos conmemorativos del I Centenario del nacimiento de D. Gregorio Marañón (19 de mayo de 1887) y todo cuanto se dijo y publicó con este motivo, pusieron de relieve cómo el tiempo no había diluido su figura ni su ejemplo.

Por estas circunstancias y por ser las fundaciones conmemorativas las instituciones que mejor garantizan la conservación del legado intelectual y moral de una persona eminente, y ser además el cauce más adecuado para honrar la memoria y preservar la ejemplaridad señera de las grandes personalidades, fue por lo que se decidió constituir una fundación.

Así nació la Fundación Gregorio Marañón, que quedó reconocida e inscrita por O.M. de 11 de noviembre de 1988

Desde entonces, la Fundación ha puesto de relieve su presencia social y su voluntad de cumplir el objetivo fundacional, que se concreta en: Perpetuar el pensamiento y la obra del Dr. Marañón; difundir la alta magistratura de la medicina que ejerció y fomentar la investigación biológica y médica.

Es tarea primordial de la Fundación la localización y recuperación de todos los documentos biográficos y bibliográficos para constituir un Fondo Documental a disposición de los estudiosos que deseen analizar y profundizar en la significación y vigencia del pensamiento y obra de Gregorio Marañón

La Semana Marañón, se celebra anualmente desde 1990. En ella se tratan temas históricos y humanísticos, así como Jornadas Científicas para presentar a la comunidad médica española los hechos nuevos, de especial significación, que se han producido en un campo médico determinado. Un Comité Asesor, integrado por especialistas de prestigio, elige, cada año, los temas y participantes de cada Semana. Algunas están publicadas.

La Fundación ha organizado o participado en otros actos culturales en relación con la figura y la obra de Marañón como el Homenaje en París en noviembre de 2000 o el curso sobre Don Juan en julio de 2002 (Cursos de verano en El Escorial de la Universidad Complutense)

Sobre la biografía de Gregorio Marañón, se han promovido y financiado investigaciones encaminadas a la publicación de libros por parte de Marino Gómez Santos y Francisco Pérez Gutiérrez. En cuanto a investigación de la obra médica de Marañón destaca el proyecto ROMM, publicado en 2003.

Con el CSIC, a través del Centro de Investigaciones Biológicas (CIB), se firmó un convenio marco para facilitar el desarrollo de actividades conjuntas. La Fundación organizó y financió ciclos anuales de seminarios de 1989 a 1992 y gestionó el desarrollo de proyectos de investigación entre investigadores del CIB y laboratorios privados.

Hasta 1992 se han gestionado diversos proyectos de investigación biomédica con otras entidades.

La Fundación participa cada año en el Congreso Nacional de la Sociedad Española de Endocrinología y Nutrición SEEN, dentro de la ceremonia inaugural con la “Lección Gregorio Marañón”.

A partir de 1994, junto con la Real Academia Nacional de Medicina, se llevaron a cabo una serie de gestiones en el Ministerio de Educación y Cultura para que se crease un Premio Nacional Gregorio Marañón de Investigación Médica del mismo rango que los de investigación humanística (Menéndez Pidal), Científica (Ramón y Cajal) y Técnica (Torres Quevedo). En la Semana Marañón 96, en Toledo la Ministra de Educación, Excma. Sra. Da. Esperanza Aguirre anunció la creación del premio, (Orden del 28 de Octubre de 1997) con carácter bianual, para reconocer e mérito de aquellos investigadores españoles que con una labor continuada hayan contribuido al avance de las ciencias médicas.

La Universidad de Castilla-La Mancha, ha firmado un acuerdo con la Fundación (25 de septiembre de 2002), para el alojamiento, gestión y actualización de la página web de la Fundación.